適期に収穫して、日陰で風通しのよい涼しいところで、７～８球をひもで縛り、１０月～１１月の植え付け時期まで貯蔵します。ニンニクは、生育期間にベト病や白色疫病、腐敗病が発生するため、発生初期に登録のある薬剤を適期に散布することが重要です。収穫時に外観ではわからなくても病気に冒されている場合があります。病気に冒されていない健全なニンニクを種用に貯蔵することが重要です。