本部・環境と食農の技術センター(羽曳野市)には、人事、予算、広報、事業管理など研究所の本部機能を担う「総務部」・「企画部」、環境、農林業、自然環境、食品及びバイオマス利用等に関する調査研究を担当する「環境研究部」・「食と農の研究部」が置かれています。
また、「農業大学校(大阪農大)」を設置し、農の担い手の育成を行っています。
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