ニッポンバラタナゴとタイリクバラタナゴは亜種関係にあり、形態は酷似する。見分け方は野外ではタイリクバラタナゴの方が大型化する場合が多いことや、タイリクバラタナゴでは腹ビレの前縁が白くなること、ニッポンバラタナゴでは側線鱗がほとんどないことなどであるが、雄雌、成長、個体差などで外見上の特徴だけでには完全に分けることは不可能である。また、交雑も容易に生じる。より正確な判定には遺伝学的手法が必要である。
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（左）オス腹ビレの比較 （右）側線鱗の比較
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