ドジョウとカラドジョウは、それぞれ属は異なるが形態はよく似ており判別は難しい。判別のポイントとしては、体色がドジョウでは暗色が強いのに対して、カラドジョウでは全体的に色調が明るいことやカラドジョウのほうがヒゲが長い傾向があることなど。また、カラドジョウでは側線縦列鱗が少なくやや鱗が大きいため、鱗が目立つ。さらにドジョウでは尾ビレ上部の暗色斑が明瞭であるが、カラドジョウでは見らないことと、カラドジョウでは尾柄部が尾ビレから膜状につながり尾柄高が高くなることである。
（左）ヒゲの比較 （右） 尾柄の比較
鱗の比較
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